元アメリカ陸軍グリーン・ベレー軍人のジャーナリスト、Geoff Metcalf[54]は、フランスのWebジャーナルAsile.org[55]、および、匿名のあるパイロットの説として、事故直後の現場写真に対する次の指摘を2002年に紹介している[56]。 衝突場所の前面の芝生部分に残骸がまったく飛び散っていない。 事故当日の衛星写真によると、ペンタゴンのもっとも外側の棟の、5階建ての１階部分のみだけが損傷を受けている。ペンタゴンの建物の高さは78フィートである。一体どうすれば、ほぼ100トン、全高44.7フィート、全長115フィート以上であるボーイング757-200が、最低でも時速400kmの速度で突入して、ただペンタゴンの外側の棟の1階にだけ、ダメージを与えることができるのだろうか？ ペンタゴンの突入で破損した部位と機体の大きさを比較して、ボーイング757-200の翼部分が当たることによって発生するはずのダメージがどこにも見当たらない。 気候を考慮すると、衝突時には、燃費の比重を1ガロンあたり6.9ポンドとすると、8600ガロン＝約60000ポンド（27トン）ほどの燃料が、あらゆるところに広範にバラ撒かれていたはずである。 飛行機のフロアから引きはがれたであろう、シートベルトのバックルつきの座席はどこにあったのか？乗客はどこにいったのか？ いまだかつて激突によって機体が蒸発してしまった（＝破片すら原型をまったく留めないほどに細かく四散してしまった）航空機事故など見たことがない。 アメリカの、en:Pilots for 911 truth（パイロットや航空業界関係者による911真相追求団体）は、2006年に次の記事を公表した[57]。 NTSB（国家運輸安全委員会）の公表したペンタゴン突入航空機（アメリカン航空77便）の飛行記録を、実際にフライト・シミュレーターで解析してみた。 政府公式発表によると実際の現場で、77便はペンタゴン突入途中に街灯に接触したとされるが、解析の結果、街灯の上空では海抜480フィート（誤差+/-75フィート)を飛行していたことが明らかになり、街灯を航空機がなぎ倒すことは不可能であると分かった。 この矛盾点をNTSBに対して問い合わせたが、回答は拒否された。 ラムズフェルド国防長官は、2004年12月にイラクを訪問した際に、911事件でハイジャックされたユナイテッド航空の93便は「撃ち落とされた」と発言したと報道された[58]。 アメリカの、en: Pilots for 911 truth（パイロットや航空業界関係者による911真相追求団体）は、2008年に次の記事を公表した[59]。 NTSBの公表したユナイテッド航空93便の飛行記録によると、「地面に対して40度の突入角度で、機体を進路に5度下に傾けた状態で墜落した」とされているが、衝突によって生じたクレーターの形状は、垂直降下によって作られる形状である。 また、NTSBの飛行記録では、93便に装着された地上接近警報装置（GPWS:ground proximity warning system）から、地面接近する飛行中に、「突入角度を確認せよ」、「機首を上げよ」という警報が発せられた形跡がない。 カナダの西オンタリオ大学（University of Western Ontario）のAlexander K. Dewdney教授は、2003年に、チャーター機を使って自ら実験を行ってデータを解析した結果、旅客機の通常の航行高度である3万5千フィートはもちろん、高度8000フィート（約2400メートル）時点でも、携帯電話が通話不能であることが証明できたとして、次のように主張した[60]。 2001年9月11日にハイジャックされた民間機上の乗客から、次々と携帯電話で電話がかかってきたと言われているが、それは不可能だ。 だが、不可能なはずのことを捏造する意味はまったくない。実際の通話のほとんどは携帯電話ではなく、機内の据付電話で行われている。携帯電話の通話は、一分弱で切れてしまったものもあるので、携帯電話が支障なく使えたわけでもない。 元ロサンゼルス市警麻薬捜査官でCIAのFX 取引を告発した経歴のあるMichael Ruppertは、2004年著作Crossing the Rubiconで次のような主張を公表した[61][62]。 事件当日にNORADの演習を遠方で行うことにより、演習と実際を混乱させアメリカ空軍機が対応出来ない状態にされていた。 2001年5月時点で、副大統領ディック・チェイニーは、大統領命令により、すべての連邦政府、すべての軍事機関に及ぶあらゆる軍事訓練、軍事演習を、直接監督する責任者となっていた。 911事件当日の朝は、ディック・チェイニーが大統領命令により監督責任を負う軍事演習と対テロ演習の多重訓練が開始された。 ディック・チェイニーは、911事件に対するアメリカ空軍の麻痺状態を確実にするため、シークレットサービスを通して、お互いが完全に分断されてしまっている指揮命令系統を、彼の元で一元的に管理していた。彼は911当日のアメリカの「最高司令官代理」の立場であった。 シークレットサービスは、FAA（en:Federal AviationAdministration：運輸省航空局）が監督しているレーダー画面と、同じものをリアルタイムで見るための技術を保有している。シークレットサービスはさらに、国家的非常事態には、最高指揮権を行使する法的権限と技術もあわせ持っている。 軍事演習と対テロ演習は、実際に飛行している航空機を訓練に含んでいた。アメリカ上空でハイジャックされた航空機を演じる軍用機や、FAAのレーダー画面に配置された「偽の輝点」（仮想の飛行機を示すレーダー上の輝点）が訓練で使われた。 「北方警戒」（Northern Vigilance）という演習では、ロシア空軍の攻撃をシミュレートして、空軍の戦闘機をカナダ上空にまで北進させた。その結果、東海岸で緊急発進できる戦闘機はほとんどなくなってしまっていた。 こうして麻痺状態に陥った空軍の反応は、空軍の戦闘機の乗員を、911事件を阻止することが不可能な状態に確実に陥れた。 アルカイーダの犯行声明が登場したことにより、一般的にはアルカイーダの犯行という認識がなされている。しかし、政府が事実を隠していたり、マスコミ報道の内容が操作されているという主張がある。 実際、ディック・チェイニー副大統領は、911事件とアルカイダの関係性を示す証拠を持っていると公式に発言したが、2008年現在も未だにそれは提示されていない。しかし、証拠を公表すれば、情報源もしくは情報収集の方法が敵方に知られるため、アルカイダとの戦いが続いている中で公表したりしないのは、軍事/諜報の常識中の常識である。 また2002年4月、ミューラー・連邦捜査局長官は、「19人のハイジャック犯容疑者とアメリカ同時多発テロ事件とを結びつける書面の証拠物件を見つけることができていない」「彼らはパソコン、ノートパソコンやほかの記憶媒体も残さず、同調者と接触するようなこともせず、表向き善良なアメリカ人として生活していた」と述べた[63]。だが、この程度のことは他の犯罪者にも多い。 犯行の声明や供述に対して疑問視する外為 もある。ハイジャッカー容疑者19人のうち7人については、生存しているとの報道がある。また、ハイジャッカーの名前が搭乗者のリストに載っていないとされる[64]。Khalid Sheikh Mohammedがグアンタナモ米軍基地の収容所で犯行を供述したとされるが、この際にはレポーターの同行も許されず、情報も限られていたとされる[65]。また、イスラム学者・アラブ学者のケヴィン・バレットは、1990年代はじめにビン＝ラーディンの音声を翻訳した経験にもとづき、2001年以降に発表された多くの「ビン＝ラーディンの音声だ」とされるテープは語法の特徴からビン＝ラディンのものではないという見解を示している[66]。CIAが「本物だ」と断定した2002年秋に発表されたテープも、スイスにあるIDIAPという研究所が声の分析をした結果は「替え玉による録音だった」という[67]。 911事件当日に、ニューヨーク航空管制局の、少なくとも6人の航空管制官が、911当日の2機のハイジャック機を取り扱った際の通信および会話の録音テープが存在したが、まったく公表も内容記録もされずに、アメリカ連邦航空局の職員によってそのテープは破棄された、とニューヨークタイムズは2004年に報じた[68]。 2004年8月、ゾグビー国際世論調査において、ニューヨーク在住者の49.3%とニューヨーク市民の41%が「米国の首脳部は9.11のテロ計画が存在すること、もしくはその攻撃が具体的に2001年の9月11日付近に実行されることを知っていながら意図的にその攻撃を防ごうとしなかった」と回答した[69]。 また、2006年7月、Scripps Howard社とオハイオ大学の調査では、回答者の36%が「米国連邦政府官達がWTCかペンタゴンの攻撃に参加していたか、それらの動きを黙認した」ということが「非常に有り得る」または、「有り得るかもしれない」と答え、16%が「WTCのツインタワー崩壊は秘密裏に仕掛けられた爆薬によるものだった」ということが「非常に有り得る」または、「有り得るかもしれない」と答え、12%が「ペンタゴンはハイジャックされた航空機ではなく、軍の巡航ミサイルによって『攻撃』された可能性がある」ということが「非常に有り得る」または、「有り得るかもしれない」と答えた[70]。 2006年5月、外国為替 国際世論調査は米国人の42%が「米国政府と9.11調査委員会は彼らの公式調査の結果に反する決定的重大な証拠が発覚するのを恐れ、それらに対する捜査を拒否、あるいは不利な証拠を隠蔽した」と思っている、と結論付けた[71]。 2006年9月、Ipsos-Reidの世論調査では22%のカナダ人が「9.11の攻撃について、オサマ・ビンラディンは全く無関係で、本当は影響力のあるアメリカ人による陰謀である」と思っていることが明らかとなった[72]。2006年10月、ニューヨークタイムズとCBSニュースの世論調査では28%が「ブッシュ政権の官僚のほとんどは9.11前に得ていた9.11の攻撃に関する情報について嘘をついている」と答えた[73]。 9.11の5周年の直前、米国の各主要メディアは一斉に9.11の陰謀論についての記事を発表した[74][75]。それらの中の一つタイム誌は「陰謀論は少数が唱える迷信ではない、明白な政治的事実なのだ」と述べた[76]。上記のような報道が主要なメディアでブームのように報じられ、そして9.11陰謀論はしばしばマスコミの注目の的となるようになっていった。 2008年1月10日の第168国会参議院外交防衛委員会において、民主党の藤田幸久議員は下記の事項を日本政府に対して質問した[77]。 国際的に疑問の声が上がっているが、日本政府としては9.11事件はアルカイダのみの犯行と解釈するのか。 ペンタゴンへの航空機突入について、通常の航空機ではありえない動きなどの異常さをどのように解釈するか。 ドイツ中央銀行総裁が公然と指摘している、テロ発生直前に、航空会社、保険会社、商社や金や石油市場の不可解な売買や、ユナイテッド航空、アメリカン航空の株価暴落を見越したかのような株式プット・オプションの建玉増加、といった取引の存在どのように解釈するか。 政府の答弁は、1. に対しては肯定、2. についてはアメリカ政府公式見解を支持、3. については、「そうしたオプションをもし情報を持って買っている人がいたとすれば、これは当然のことですけどインサイダー取引になると思いますし、大変なことだろうなというふうな認識を持っています。」というものであった。 Alex Jonesと関係の深いTruth NewsのKurt Nimmo、きくちゆみなど、陰謀論者からは、「ネット系を含めて日本および世界の大手マスコミは、報道規制によって、これをほとんど報道していない」という主張がある[78] [79]。